В течение сезона подсолнечник может сталкиваться с несколькими группами вредных объектов.
Первая — сорная растительность. Особенно опасна конкуренция в ранние фазы развития, когда культура ещё не сформировала мощный листовой аппарат. В этот период сорняки активно забирают влагу, элементы питания и свет. Поэтому гербицидную защиту во многих технологиях планируют заранее: с учётом спектра сорняков, технологии выращивания, состояния почвы, фазы культуры и особенностей гибрида.
Вторая группа — вредители. В разные периоды угрозу могут представлять вредители всходов, листьев, стеблей, корзинок и семянок. Решение об инсектицидной обработке принимают не по принципу «лучше перестраховаться», а после обследования поля и оценки численности вредителя. Если применять инсектициды без необходимости, можно увеличить затраты, нарушить естественный баланс в агроценозе и повысить риск формирования устойчивости у вредителей.
Третья группа — болезни. Для подсолнечника опасны фомоз, фомопсис, альтернариоз, ржавчина, белая и серая гнили, ложная мучнистая роса и другие заболевания. Риск их развития зависит от погодных условий, гибрида, предшественника, состояния растительных остатков, густоты стояния и общего инфекционного фона.